1870（明治3）年の三菱創業から昭和20年代の三菱本社解体、新しい三菱グループの発足、その後の三菱グループ各社の経営史料・業務文書など、三菱関連の史料を幅広く収集・保存しています。
史料は一件ずつ番号を付し、史料管理システムに登録しています。
所蔵史料数は2024年3月末現在、約10万7千点で、さらに収集に努めています。

所蔵史料は、原則として公開されており、閲覧室でマイクロフィルムまたはデジタルデータで閲覧提供し、全国の研究者に利用されています。
当研究所では、専任研究員のほか、東京大学大学院経済学研究科教授粕谷誠、東京大学社会科学研究所教授中村尚史、高千穂大学経営学部教授大島久幸の三氏が兼務研究員として調査・研究にあたっています。
所蔵史料を使った研究の成果は「三菱史料館論集」として毎年刊行し、冊子は内外の大学や研究機関に寄贈するほか、一般の方々にもご購読いただいています。2023年8月からはインターネットによる公開（J-STAGE）を開始しました。
また、大正期に編纂された『岩崎東山先生傳記』の翻刻も刊行・頒布しています。

展示室で、パネルを用いて三菱の歴史を時代背景とともにわかりやすく説明し、所蔵史料の一部（約100点）を展示し、一般に公開しています。
また、三菱および日本の産業発展史理解の一助となるよう小冊子・DVDを作成・頒布しています。
そのほか、「三菱社誌」復刻版をデジタル化し、電子書籍とオンデマンド出版で提供しています。
さらに、外部からの様々な問い合わせにも対応するなど、各種レファレンス・サービスも行っています。